.hack／／SIGN
現実から逃避するため訪れたネットワークゲーム。もし、そこから出られなくなったとしたら…。ゲームであってはならない力を得た時、司は大いなる事件に巻き込まれていく。2007年、人々はネットワークゲーム「The World」に熱狂していた。その中で“呪紋使い”を使うプレイヤー・司は、自分の身に起きた異変を抱えたまま一人で彷徨っていた…。
.hack／／SIGN 第11話
第11話 Party（パーティー）／司を友達と言い切れるようになったミミルは、戦いのない知識をメインにしたサブイベントに司を誘う。人との関わりを避けてきた司にとって、それは初めてのパーティー。多くの謎と不安の中だけに存在していた司が、ミミルやベアに初めて笑顔を見せる。
.hack／／SIGN 第12話
第12話 Entanglement（錯綜）／リアルでの司を追うベアは、ついに確証とも言える何かを得る。確証は不安を生み、不安は伝説のアイテムの探究へとベアを動かして行く。司を監視下に置こうとするBT。司との会話に不安を抱く昴。海の底に沈んだ司の心を捕らえているモノとは…。
.hack／／SIGN 第13話
第13話 Twilight Eye（黄昏の眼）／次第にその謎が解かれていく『Key of the Twilight』。司は、伝説のアイテムの所有を条件に、その探究への参加を決意する。クリムを利用し、楚良と共謀するBT。謎のハッカーから情報を手に入れるベア。漆黒の雲が消える時、天空に黄昏の眼が現れた。
.hack／／SIGN 第14話
第14話 Castle（逆城都市）／天上から建ち並ぶ数多の塔。伝説のアイテム『Key of the Twilight』を手に入れるため、3つの思惑が異質なfieldを走る。その中心で待つものとは何か。残滓と化した思念がループする場所で、司が得たものとは。
.hack／／SIGN 第15話
第15話 Evidence（証）／“黄昏の眼が開く時、キー・オブ・ザ・トワイライトが姿を成す。”昴は、幻のアイテムを求めた今までを振り返りながら、司のことを考える。出会いと、触れ合いと、そして…。逆城都市へ赴いた司を思っていたその時、昴の目に涙が伝った。（※前半1話～14話までのダイジェスト版）
.hack／／SIGN 第16話
第16話 Depth（深淵）／忘れられたfield、その中心部に存在した謎の男の意思。ミミルたちは、確かにその場所へ行き、帰還した。だが、クリムは強制終了を余儀なくされたという。では、司は…。『死』から再生された司は、自我の問題につきあたる。
.hack／／SIGN 第17話
第17話 Conflict（コンフリクト）／コンセントさえ抜けば、消える世界。その中だけの人間関係に、何故こうも熱くなれるのか。煩わしさを理由に、人との関わりから1歩離れていたBTは、いつしか自分が利害関係と、孤独に染まっていたことを知る。
.hack／／SIGN 第18話
第18話 Declaration（宣言）／システムを超越した能力と、秩序を乱す行動を起こす司。その存在は、秩序を重んじる紅衣の騎士団にとって、無視はできない。だが、騎士団の長であり拠り所である昴は、司を擁護し続ける。その矛盾への反発と、騎士団の強化を望む銀漢は、ついにあってはならないはずの行動を起こす。
.hack／／SIGN 第19話
第19話 Recollection（追憶）／「ここに居たい」。昴の一途な想いが結実した紅衣の騎士団。その存在が無に帰る時、自らの想いもまた否定されるのか。集団から個へ、守られる者から一介のPCへ。昴は知らぬ間に、司の元へと歩いていた。
.hack／／SIGN 第20話
第20話 Tempest（嵐）／言葉だけではないコミュニケーションを通し、昴は司の心を徐々に解かし、ついに『僕だけの場所』を目にする。眠れる少女だけが居るはずの部屋。これが全て謎の核心なのか…。だがその一方、BTと楚良は、自分たちの計画に銀漢を巻き込もうとしていた。