とある科学の超電磁砲S

とある街の、とある少女たちの物語が、再び始まる--。総人口二三〇万人を数える、東京都西部に広がる巨大な都市。その人口の約八割を学生が占めることから、｢学園都市｣と呼ばれているその都市では、超能力の開発が行われていた。平和で平凡で、ちょっぴり変わった学園都市的日常生活を送っていた美琴に、突然の学園都市の『闇』が迫る--。