もやしもん 第01話
第1話 農大菌物語／農大一年生の沢木直保はなぜか菌が見える体質。学校内で地中から大量に噴出している菌を発見、行方不明の女生徒・長谷川遥が埋まっている！と大騒ぎになる。そこへスコップを持った老人・樹慶蔵教授が現れた！
もやしもん 第02話
第2話 三億円の農大生／日本酒の敵・ヒオチ菌が大量に噴出！沢木は、学校内で勝手にお酒を造っている犯人・川浜と美里に出くわす。密造に失敗し多額の借金を抱えた二人は、沢木の能力を使ってひと儲けを企む。
もやしもん 第03話
第3話 菌でかもすぞ！／菌を培養してひと儲けを狙う川浜と美里だったが、除菌が趣味の及川葉月により菌は死滅してしまう。一方、樹教授は新しい発酵蔵の起工を祝ってお酒造りを実演、沢木は菌の活動で酒ができる仕組みを目の当たりにする。
もやしもん 第04話
第4話 あちこち菌祭り／樹教授から農場の野菜をこっそり盗ってくるよう命じられた沢木と結城蛍。夜の畑の中で初体験のドロボーにビクビクする二人だが、実は新入生を使った学校ぐるみの野菜ドロボー撃退イベントだった！
もやしもん 第05話
第5話 怪奇！菌オバケ／全身が菌だらけの「菌のオバケ」を目撃した沢木。それは樹先生御用達の酒屋の主・日吉菊二だった。菊二が語る日本酒の奥深さと菌の力に感心する沢木たち。そこへ大きな荷物を抱えた臭い女・武藤葵が現れた！
もやしもん 第06話
第6話 悩殺！ミス農大／発酵食品を背負い陸路帰国した元ミス農大・武藤は、すっかり色気も清潔さもなくなっていた。ひさびさの日本にくつろぐ武藤だが、沢木はその体に見慣れない菌を発見。なんとそれはアジアトップ5の食中毒菌だった！
もやしもん 第07話
第7話 開幕！農大春祭／全身黒タイツの怪しい団体・農士会が支配する「春祭」がいきなり開催！外部と隔絶された学内で自給自足の農大精神を強要される生徒たち。農士会が決めたルールの謎を解かないと春祭は終わらないという…。
もやしもん 第08話
第8話 農大正門攻略戦／春祭最終日。樹先生が開発した媚薬を手に入れようと息巻く美里と川浜。農士会の弱点を突き、自治寮レジスタンスの総攻撃がついに開始される。大乱戦を乗り越えた沢木は、巨大な農士会大将との戦いに挑む！
もやしもん 第09話
第9話 柔肌にとりつけ／臭いに耐えながらも和気あいあいとシュールストレミングを試食する樹ゼミの一同。そんなおり父親から大学を辞めるよう説得される長谷川。自分の行く末を悩みつつ眠りに落ちた長谷川に、菌の影が迫る！
もやしもん 第10話
第10話 ゴスロリキッス／日吉酒店で見かけたゴスロリ少女が気になる沢木。ついに再会した少女の言葉から、その正体に気付き驚愕する。突然少女にキスをされパニックに陥った沢木は、驚きから菌が見えなくなってしまった！