黒い太陽～コードネーム：アムネシア～
密航船で謎の男が発見される。伸び放題の髪とひげ、拷問のあとをうかがわせる傷跡。男は1年前、任務遂行中に死亡したと思われた国家情報院の要員、ハン・ジヒョクだった。彼は1年間の記憶をすべて失っていた。最優秀のエージェントとして名をはせた彼の変わり果てた姿に、国家情報院内部に動揺が走る。ジヒョクは記憶を失くしたまま国家情報院に復帰することになる。
黒い太陽～コードネーム：アムネシア～ 第11話／字幕
字幕／第11回／スヨンが何者かに銃撃され、監視カメラの映像からジヒョクが逮捕される。カン局長はジヒョクが犯人だと決めつけるが、ト次長は再調査を要請。しかし、ト次長はこの件から外されてしまう。ジヒョクは移送される途中で脱走を図り、カン局長の乗る車と衝突。カン局長に銃を渡してジヒョクはその場を立ち去る。その時、銃声が響く……。
黒い太陽～コードネーム：アムネシア～ 第12話／字幕
字幕／第12回／スパイを疑われた記者が、チョヌに狙われていることに気付いたジヒョクは、彼女に会いにいく。カン局長は狙撃手を配置してジヒョクを狙う。しかし、ジヒョクの作戦にはまり、ためらって発砲命令を出せない。そのすきにジヒョクは記者を連れて逃げる。記者からある情報を聞き出し、ついにチョヌと直接顔を合わせたジヒョクは……。
黒い太陽～コードネーム：アムネシア～ 第13話／字幕
字幕／第13回／スヨンが死亡し、逮捕されたジヒョク。一方、ペク謀士に捕らえられたチョヌが殺害される。チョヌ殺害の真相を調査すべきだと国情院長に訴えるト次長。そんな中、ジヒョクの無罪を証拠立てる監視カメラ映像の原本が国情院に送られてくる。ジヒョクは釈放され、ジェイを訪ねる。彼女は、国情院の要員であり中国で失踪した父が生きていると語る。
黒い太陽～コードネーム：アムネシア～ 第14話／字幕
字幕／第14回／ジヒョクとジェイは、チョヌと国情院内の私的組織、サンム会について調べを進める。チョヌの体に描かれたダイイングメッセージから、中央情報部（現在の国情院）の設立に関わったチョン・ピョンイルの名が浮かぶ。彼が入院している病院に行くが、病院側は患者の存在を否定する。しかし、病院の地下に隠された階層があることに気付いた2人は……。
黒い太陽～コードネーム：アムネシア～ 第15話／字幕
字幕／第15回／ピョンイルがペク謀士に銃殺される。ジェイも銃弾を受けるが、防弾ベストのお陰で無事だった。間近でペク謀士を見たジェイは、顔は違っても失踪した父の雰囲気を感じる。ピョンイルとチョヌの処刑は、サンム会への警告ではと推理するジヒョク。国情院ではト次長が退き、カン局長が昇進することに。一方でイ・イナン次長のもと海外部門の縮小が進む。
黒い太陽～コードネーム：アムネシア～ 第16話／字幕
字幕／第16回／国内部門への転属が決まったジヒョクとジェイ。ジヒョクはカン局長を訪れ、スヨンを見殺しにしたと非難する。彼女は過去にカン局長と恋愛関係にあった。ジヒョクとジェイは、サンム会の調査を続け、サンム会が手に入れた個人情報を基に、大統領選挙の投票行動に影響を与えていた事実をつかむ。一方、ジヒョクは1年前の記憶を徐々に思い出す。
黒い太陽～コードネーム：アムネシア～ 第17話／字幕
字幕／第17回／ト次長が父を北朝鮮に引き渡した黒幕と知り、銃を向けるジェイ。確信があるなら撃てと言ってト次長は去っていく。そんな中、ジヒョクに記憶を失う前の自分からメールが届く。韓国に亡命を希望していた北朝鮮の高官リ・ドンチョルを殺害したのは、ジヒョクの瀋陽での任務の同僚だと知らされる。そして、1週間後にすべての秘密を教えると言い…。
黒い太陽～コードネーム：アムネシア～ 第18話／字幕
字幕／第18回／ペク謀士との面談に赴くト次長。イ次長はペク謀士を狙って狙撃手を配置する。ジェイからの連絡を受け、ジヒョクが狙撃を阻止する。「お前は俺に似ている」という言葉を残し逃走するペク謀士。射殺を命じたのはト次長ではないと聞き、ジヒョクは国情院内の裏切り者がイ次長だとの確信を深める。一方、イ次長とサンム会の調査は核心に近づくが…。
黒い太陽～コードネーム：アムネシア～ 第19話／字幕
字幕／第19回／国情院の幹部たちの前で、過去の自分から届いた最後のメールが公開される。ドンチョル殺害に絡んで同僚への不信を募らせたジヒョクは、後ろから忍び込んだ男に向けられた同僚の銃を、自分を狙っていると勘違いし射殺したのだ。1年前の事件の犯人としてイ次長に逮捕されるジヒョク。カン局長はジヒョクを釈放させるためイ次長と取引する。
黒い太陽～コードネーム：アムネシア～ 第20話／字幕
字幕／第20回／海外部門の骨抜きを図るイ次長の提案をのんだカン局長。しかし、イ次長を打倒する意思は捨ててないと、ジヒョクに協力を求める。一方、ト次長はジヒョクに、イ次長の悪事を暴くために彼の記憶が戻るのを待っていたと言う。共通の敵であるイ次長を倒すために手を組む3人だが証拠がない。ジェイの提案でIT企業とイ次長の関係を調査するが…。